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CDD Ingénieur en bioinformatique/biostatistique.

CDD de 12 mois

Détails de l’offre

Mots clés : Traduction, ribosome, ARN, levure, bioinformatique, séquençage haut-débit

Description du sujet :
Descriptif du projet:
Ce travail s'inscrit dans un projet ANR centré sur l'étude des voies de dégradation des ARNm défectueux durant la traduction. Pour rechercher les gènes cellulaires régulés par ces voies de contrôle qualité, nous menons des expériences de "ribosome profiling" chez la levure Saccharomyces cerevisiae. Cette approche originale permet d'avoir une vision globale de la traduction de tous les ARNm dans la cellule, grâce au séquençage massif des fragments d'ARNm protégés par le ribosome.
Le (la) candidat(e) intégrera l'équipe de Génomique, Structure, et Traduction (http://www.ribosome.eu/spip) spécialisée dans l'étude des mécanismes de la fidélité de la traduction chez les eucaryotes. Ce projet est coordonné par l'IGM et est effectué en collaboration avec une équipe de bioinformatique de l'IGM et de deux équipes de l'Institut Pasteur à Paris.

Descriptif du poste:
L'activité de l'ingénieur(e), se fera sous la direction scientifique du responsable du projet en collaboration avec les différentes personnes impliquées dans le projet. Il (elle) sera en charge de l'analyse des données de séquençage haut débit (Illumina):
- Contrôle qualité des données
- Extraction, traitement et normalisation des données
- Définir les seuils et choisir les tests de validation
- Interrogation des bases de données bioinformatiques

Ce travail sera complété par le développement d'outils informatiques spécifiques à l'analyse du traductome. Ces outils permettront une analyse qualitative des résultats de séquençage afin de définir avec précision les régions traduites des régions non traduites. Ils devront aussi permettre de regrouper les gènes candidats par familles (cluster) fonctionnelles.

Pour cela il faudra:
- Analyser la littérature scientifique
- Identifier les réseaux de gènes impliqués dans les différentes conditions expérimentales
- Interroger les banques de données online (KEGG, Gene Ontonlogy).
Le (la) candidat(e) sera amené(e) à interagir avec la plateforme de séquençage massif située à Gif-sur-Yvette ainsi que la plateforme de bio-informatique eBio hébergée à l'IGM.

Profil du candidat :
Niveau Bac +3, ingénieur, ou Doctorat avec une première expérience dans le traitement et l'analyse NGS Illumina.
Connaissance générale des bases de données.
Connaissance générale en bioinformatique et biostatistique.
Maîtriser un ou plusieurs langage(s) de programmation.
Des notions de biologie/génomique sont souhaitées.

Date limite de candidature : 30/08/12

Date de début du contrat : 01/09/12

Contact : Olivier NAMY (olivier.namy@igmors.u-psud.fr)

Financement :

non négociable Financement public uniquement

Contrat ANR. le salaire est fonction de l'expérience professionnelle du candidat.

Equipe/Service d'accueil


Génomique Structure et Traduction (GST)

http://ribosome.eu/spip/

Chef d'équipe : Olivier NAMY (olivier.namy@igmors.u-psud.fr)

Domaine principal d'activité : Levures


Membres de l'équipe :



Laboratoire/Entreprise :

Institut de Génétique et Microbiologie (IGM)

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http://www.igmors.u-psud.fr/

Directeur : Jean-Pierre ROUSSET

Laboratoire public (Code unité : UMR CNRS 8621 - Université Paris-sud 11)


Adresse

Bâtiments 400 et 409
Université Paris-Sud 11
91405 ORSAY Cedex
Ile-de-France
France